第一集
     2001年8月26日，辽宁省云都市矿山公安局发生了一起重大的失枪案件，分局长袁明被停职。是夜，两名持枪歹徒劫持了奥丽安娜娱乐城的总经理于莉，索要两百万。接到报警后，云都市公安局出动大批警力包围了奥丽安娜娱乐城，歹徒负隅顽抗，一个被击毙一个点燃身上的炸药身亡。省公安厅刑警总队长黎剑临危受命，被任命为云都市公安局局长。此举引起了以为能扶正的副局长霍祥的不满。黎剑上任之后立即来到刑侦支队和支队长林军一起从绑架案入手，开始了对云都市的治安整治。

第二集
    为了感谢公安人员解救了于莉，奥丽安娜娱乐城老板郑翼飞设宴招待黎剑和副局长霍祥、戴文清，黎剑借机了解案情，又巧妙地通过办公室主任方华的电话而中途离场。方华的丈夫刘浩是黎剑的战友，在十年前的一次出警中牺牲，而案子却一直没破。为了让黎剑尽快地了解云都的情况，方华带着黎剑来到汪老汉家。汪老汉的儿子汪小明也是十年前被害的，案子不了了之，汪老汉的儿媳也疯了，汪老汉连年上访却无结果。看着可怜的汪老汉一家，黎剑眼中涌出泪水。

第三集
    刑侦支队长林军给了黎剑一份自己私下准备的近几年云都市发生的大案要案备忘。黎剑发现以马福贵为首的黑恶势力已经无恶不作，他来到霍祥家向霍祥了解情况，霍祥却告诉他云都有特殊的地方，不能完全按照原则办事，两人不欢而散。黎剑来到沙河街派出所检查，却发现所长江枫值班睡大觉，报警电话无人接听，黎剑将江枫当场停职。疲惫的黎剑夜里回到省城的家中，向妻子徐蕾叙述衷肠。

第四集
    黎剑和林军看望被黑恶势力迫害的某酒店胡经理，又来到矿区向袁明等了解8·26失枪案的情况。同时得知袁明等矿区的警察生活很困难，常常发不出工资。霍祥却对黎剑一上任就往一线跑而不和和局党委几个领导沟通，把他们这些人晾在一边颇有微词。郑翼飞的手下彭俊对马福贵常常来寻事不满，也不理解郑翼飞为什么总让着马福贵，郑翼飞却冷笑着告诉彭俊马福贵猖狂不了多长时间了。黎剑来找市政法委书记程志，向他汇报在云都了解的情况，二人取得共识，要在云都搞一次大规模的整治行动，要坚决打击黑恶势力的嚣张气焰。并把这次行动定为“云剑行动”。

第五集
    马福贵通过江枫要请林军和黎剑吃饭，结果迎来的却是林军带着刑警对他的洗浴中心的清查。马福贵恨得直咬牙，恰在此时他患有白血病的儿子小顺子又发高烧，马福贵明白自己遇到对手了。 “云剑行动”狠狠地打击了黑恶势力，收到显著成效，然而对于如何处置犯罪分子，黎剑和霍祥有了分歧，霍祥希望多罚款以增加办案经费，黎剑却认为要以此为突破口，侦破大案和要案。马福贵的手下李柱子被抓后，经技术鉴定他的指纹和8·26失枪现场的一个指纹一致，黎剑连夜和林军来到看守所准备提审李柱子，然而李柱子却被人提前一步毒死在看守所。