“国家统一委员会”和“国家统一纲领”出现之初，尽管被李登辉加进一些“实质台独”的内容，但依然是两岸关系发展到一定程度的必然产物，在相当程度上体现了岛内反对“台独”、追求和平和双赢的主流民意。
两岸关系进入上世纪90年代，在祖国大陆的推动下，开始出现历史性的转折，从紧张对峙走向缓和，从长期隔绝走向交往，从经贸互不往来变为相互依存，两岸关系也迈入了一个新的历史时期。
一是“和平统一，一国两制”科学构想的提出。随着党的工作重心的转移，以邓小平为核心的中央第二代领导集体从国家和民族的根本利益出发，在毛泽东、周恩来关于争取和平解放台湾思想的基础上，提出了“一国两制”科学构想。“一国两制”构想充分体现了维护国家领土和主权完整的原则性，充分尊重台湾的历史和现实，充分尊重台湾同胞生活方式和当家作主的愿望。作为发展两岸关系和推动和平统一的指导纲领，根据“一国两制”的构想，大陆出台了一系列的法律、法规、政策，推动两岸交流前进。
二是台湾同胞成为两岸交流的重要力量。大陆推动两岸交流的举措得到台湾民众和舆论的积极支持，在各界台湾同胞的参与下，两岸在经济、文化、学术、科技等各个方面的交流已愈益密切，两岸经贸由1979年的0.46亿美元，到1991年增加为57.93亿美元，增长125倍。台商投资大陆由零起步，到1991年发展为3815项，合同资金33.12亿美元。人员交流开始于1987年底，到1991年发展为近百万人次。特别是在人员交流方面，4年多来，两岸人员往来层次日益提高，两岸都有一批重要人士、学者、工商业者往来两岸，对两岸的良性互动产生了积极的影响。台湾同胞的“交流热”，反映出人心所向。
三是两岸开始间接对话。在祖国大陆的呼吁下，这一时期，海峡两岸虽未走到谈判桌上来，但通过传播媒体所进行的高层“隔岸喊话”和“间接对话”明显增强，双方都各提和谈统一的条件和设想，期待对方的善意回应。海峡两岸的政策调整已从内动型向互动型方向发展，两岸政治上的互动关系比以前有所增强。特别是在1986年5月17日至20日，就如何处理“华航B198号”货机返台事宜，中国民航和“华航”在广州进行谈判。1990年9月10日，中国红十字总会与台湾红十字组织就遣返私渡人员和犯罪嫌疑人问题，在金门进行会谈。两次会谈，为下一步启动“两会”商谈作了成功的尝试。
祖国大陆“一国两制”统一方案的提出，以及两岸关系的发展需要台湾当局表明相应的立场，给两岸同胞一个交待，作为规范当局大陆政策的指导纲领。
与此同时，台湾政局正进入两个关键时期，一是建立多元政治的关键时刻，朝野政党为了占领有利于各自发展的政治制高点，基本不会公开与主张两岸交流的民意对抗。尤其是长期以来反对“台独”、执政的国民党不会赞成国家分裂。二是李登辉处于巩固权力基础的关键时期，不会与主张两岸交流的社会民意和党内主流意识对抗。正是在两岸交流的实际需要和岛内政争的大背景下，“国家统一委员会”和“国家统一纲领”先后出台。
1990年10月7日，台湾当局以任务编组方式在“总统府”内设置“国家统一委员会”，负责两岸统一大政方针的研究与咨询。次年1月，“陆委会”和海基会先后成立。1991年2月23日，由“总统府资政”陶百川在“国统会”成立时提议，历时四个多月、九易其稿的“国家统一纲领”在第三次全体会议上通过。从正面意义上讲，“国统纲领”有两大要点，一是强调中国必须统一，指出“中国的统一，在谋求国家的富强与民族长远的发展，也是海内外中国人共同的愿望”，海峡两岸应“共同重建一个统一的中国”。二是强调“大陆与台湾均是中国的领土，促成国家的统一，应是中国人共同的责任”。作为台湾当局40多年来公开提出的第一个关于“国家统一”的方案，在出台后的几年内起到积极的作用，成为岛内反对“台独”的主要政治武器。同时，在“国统纲领”的基础上，台湾当局通过海基会与海协会达成了“九二共识”。正是因为“国统纲领”的正面意义，从起草、审议过程起，就成为“台独”分子反对的目标。
“废统”主张的背后
“二统”出台后，一直成为“台独”分子极力反对的目标，正如陈水扁“废统”讲话出来后，一些民进党核心人物纷纷表示，“废统”一直是该党的基本主张；此次“鼓励”陈水扁要“大胆废统”的李登辉，从一开始就在“二统”中植入“致残病毒”。
“二统”出台前后，在两岸关系上存在着两股暗潮。一是李登辉开始为“实质台独”铺路，对大陆和台湾民众关于发展两岸交流的呼声，被动应对和极力阻挠。他上台伊始就告诫台湾工商界“不要单纯从经济层面的观点来考量对大陆的经贸政策”，“如果开放对大陆直接贸易后，我们人才、资金均前往大陆，那么今后台湾的经济发展必岌岌可危”。因此，他把两岸经贸一直定位在“间接、民间、单向、限制”的不合理状态。政治上，开始推行“拖以待变，以变备拖”方针，妄图使两岸分裂局面国际化、长期化、复杂化。1990年5月20日，他明确提出大陆要“推行民主政治及自由经济制度，放弃在台湾海峡使用武力，不阻挠我们在一个中国的前提下开展对外关系”的三项条件，为分裂分治埋下伏笔。二是“台独”开始合法化。李登辉主政后，以维护“民主”、“人权”、“言论自由”为名，无视和废除惩罚“台独”的法律法规，变“台独”非法为合法。正是在李登辉的纵容下，海外“台独”和岛内“台独”分子顺利合流，声势日涨。早在“二统”开始研讨起，“台独”阵营就坚决反对，开始具体设计“台独党纲”和“台独宪法草案”。更为甚者，作为国民党主席李登辉不断暗助“台独政党”民进党。
两股暗流下，李登辉一是在“国家统一纲领”中加入“台独”货色，提出两岸统一，“首应尊重台湾地区人民的权益并维护其安全与福祉”，假民主之名，以“台湾人民权益”为借口，人为拖延统一进程；提出“在互惠中不否定对方为政治实体”，宣扬“两个中国”。二是在“二统”出台后，公开违背“国统纲领”，六次“修宪”，图谋建立“实质台独”的政治体制和法律体系；推行“戒急用忍”，全面限制两岸交流；借助“务实外交”，图谋“台湾问题国际化”；全面破坏国民党，压制反对“台独”的政治力量。三是在1999年7月9日，以公开提出“两国论”的方式，全面否定“国统纲领”。显然，“二统”“只剩下一个招牌”，完全是李登辉造成的。陈水扁嘲笑“二统”的招牌“已经不见了，而且没东西可卖”，则完全由他本人精心策划导致。
陈水扁当局执政后，“台独”方向十分明确，目的性很强。就陈水扁的“台独”部署来看，从社会层面、意识形态论，重点是全面推进“去中国化”、“文化台独”、“台湾正名”、“军事台独”和“务实外交”，全面扩大“台独”的社会、政治基础。从岛内法律、政纲角度论，主要有两大障碍，分别是现行“中华民国宪法”和“国家统一纲领”，废除现行的“中华民国宪法”成为实现“法理台独”的最后一步，废除“国家统一纲领”则成为“毁宪”的前奏，制造与2006年间提出“民间版的台独新宪法草案”、2007年举办“台独新宪公投”相适应的政治气氛。从岛内朝野政争、巩固权力需求来看，“废统”和“毁宪”都可以成为陈水扁制造“台独”议题，进而集结泛绿军支持者的重要手段。正是出于陈水扁的“台独”心态，出于利用有限的执政时间进行无限的“台独”活动的打算，从上台之初就冷冻“二统”，表面上作出“四不一没有”的承诺，行动上拒不就任应由他担任的“国统会主委”，拒不召集“国统会”会议，拒不承认“国统纲领”，造成“国统会空壳化”；在他部署“公投台独新宪”前夕，又直接提出“废统”，这就是他的“废统路”。
台湾政坛因为陈水扁提出“废统”主张而出现新的对立，两岸关系因为“废统”主张而受到新的冲击，陈水扁本人因为“废统”主张而面临新的批判，执政当局因为“废统”主张而进入新的困境，这就是陈水扁“废统”的后果和影响。
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