位于甘肃中段的河西走廊因其独特的地理、气候、历史条件，成为丝绸之路东段长期稳定、千年不变的交通要道。河西走廊以武威和敦煌东西两端为交通枢纽，一吐一纳，形成了丝路上长期以来由陇右通往西域的必由之路。位于走廊西端的敦煌，自汉代以来就是中国经营西域和丝绸之路的前进基地。也是胡商贸易的口岸，故称“华戎所交一都会”。在敦煌西南和西北的阳关和玉门关既象守卫在大门口的两个卫士，又象中原向西伸出的两只角。阳关和玉门关如同镶嵌在丝绸之路上的两颗明珠。
玉门关设置时间应在贰师将军李广利伐大宛太初元年(前104)之前。史籍和敦煌出土汉简中，关于玉门关的记载屡见不鲜。《汉书 地理志》敦煌郡：“正关西外有白龙堆沙，有蒲昌海，有阳关，玉门关，皆都尉治。”《史记 大宛列传》正义括地志：“沙州龙勒山在县南百六十五里。玉门关在县西北百一十八里。” 殿本《元和郡县图志》及《太平寰宇记》、《舆地纪胜》俱同。敦煌石窟保存的晚唐抄本《沙州志》（S•788）及五代写本《寿昌县地境》（散1700）和《沙州归义军图经略抄》（P•2691）亦载此关，但将距寿昌城里数误作“一百六十”。《汉书 西域传》：“是时汉军正任文将兵屯玉门，为贰师后距。”《后汉书 班超传》载班超上疏云：“臣不敢望到酒泉郡，但愿生入玉门关”；又“邓太后召勇诣朝堂会议。先是公卿多以为宜闭玉门关，遂弃西域……。”《敦煌石室地志残卷考释》：“玉门关县北一百六十里，汉武帝元鼎九年置，并有都尉”。《流沙坠简》：“入玉门关日上一口口。”《敦煌汉简》：“元始三年七月玉门大煎都万世侯马阳所操妻子从者奴婢出关致籍”。（795简）“口者马不当入关敢言之”（797简）。此关建于西汉武帝时，约废于东汉光武帝建武二十七年（即公元51年）（李正宇先生观点，见附录一），史称故玉门关或古玉门关。
《读史方舆纪要》卷64：
沙州卫
玉门关
在故寿昌县西北。《汉志》《注》：“龙勒县有玉门关，故都尉治。”《舆地广记》：“关在寿昌县西北百八十里。”汉武使霍去病破走月氏，开玉门关通西域。太初初年李广利伐宛不克，使使者遮玉门关曰：“军有敢入者辄斩之。”又使军正任文屯玉门关是也。后汉建武中闭玉门关，谢西域之质。《后汉书》《西域传》：“自敦煌西出玉门、阳关，涉鄯善，北通伊吾千余里。”班超在西域上书：“愿生入玉门关。”隋大业四年遣将薛世雄等出玉门关击伊吾，七年遣裴矩西至玉门关晓谕西突厥处罗入朝，即汉玉门关故关兮。
阳关
在故寿昌县西。《汉志》《注》：“都尉治也。”杜佑曰：“阳关在玉门之南。”高居诲《使于阗记》：“从沙州西渡都乡河曰阳关。”欧阳忞曰：“关在寿昌县西六里。为西域之要隘。”
玉门关为西汉通向西域之门户，扼守中西交通咽喉要地，建于西汉元鼎六年（前111年）。西汉时玉门关为玉门都尉治所，东汉初仍以其为门户。王莽篡位后不久，曾一度关闭。至和帝（公元89年---105年），匈奴杀汉吏，朝廷公卿以为宜闭玉门关，便把关口移设在今酒泉地区的玉门镇，向东移动了四百多公里，放弃了西汉所筑玉门关。后来，班超之子班勇上言，认为应仍以西汉玉门关为关口，置校尉长史以悍抚西域诸国。并写了《辨闭玉门关弃西域》的疏文。于是，朝迁就派班勇为西域长史，以西汉玉门关为门户，北兵屯域鄯善、龟兹、温宿诸国，并发兵驱走在西域的匈奴势力，西域平安，丝路复通。魏晋以后，玉门关再度废弃。隋唐之际，通西域的伊吾大道畅通，玉门关东迁至瓜州晋昌县境。汉玉门关慢慢衰败，关口淹没，边墙失修，昔日驼铃叮 ，商队络绎，使者往为来的景象不复再现。
1、当时，西域客商向中原地区销售美玉，需在此验关，故名。
2、相传丝绸之路畅通之后，西域诸国的商队络绎不绝地经此入关。于阗国的特产"和田玉"也源源不断地经此运往内地。于阗国王为换回中原王朝的大批丝绸，派了官兵，专门押解运送玉石。官兵押运了几次后，就出现了怪事--驮运玉石的骆驼一进城就口吐白沫，昏迷不醒。押运官对此束手无策。一个拉骆驼老人告诉押运官："骆驼入关生病，事出有因。咱们长年途经此地运玉石，从未祭礼关神。再不祭祀，恐怕下一趟也要生病"。 押运官问："依你之见，如何才能消病除灾，确保人畜平安呢？"老人说："用上等玉石，在此城关门上镶嵌一圈，这样关楼就有了光彩，关神也就高兴了。"押运官按老人的建议办了，骆驼灾病果然消除，平安到达了长安。关城因为城门砌了一圈闪光的玉石从此就称为玉门关。”
1906—1908年，英国人斯坦因考察了敦煌西北的汉长城，在现在的小方盘城（斯坦因编号为T14）北82米处的一烽燧遗址中掘得几枚汉简，其中一枚较为完整，字迹清晰，上有“玉门都尉”字样。1943年10月，我国史学家夏鼐、阎文儒，也在小方盘城附近掘得汉简数枚，其中一简清晰墨书“酒泉玉门都尉”字样。莫高窟遗书《沙州都督府图经》。后晋天福十年卷子《寿昌县地境》均有玉门关在寿昌北16里。另一唐代《沙州图经》记述玉门关“周回一百二十步，高三丈”这些记载玉门关之方位、周长、高度均合小方盘城。陈梦家先生根据斯坦因的出土汉简，也认为：“也只有T14最适合作玉门都尉治所”，而玉门关只能在T14之西或者西北，即T11～T12或T13～T14之间。（《汉简缀述》）
从此，人们依据这些实物证据，认定汉代玉门关就是小方盘城。
小方盘城，形方，四垣保存较完整，建筑结构为黄胶土夯筑，西北两墙各有一门，因墙土剥落形如土洞。北门下现已堵塞。全城残存总面积为600多平方米，城墙东西长24。5米，南北宽26。4米，残高9。7米；城墙上宽3。7米，东墙下宽4米，北墙下宽4。9米。城顶四周有宽1。3米的走道，内女墙厚85厘米，外女墙厚1。5米；城内东南角有一条宽83厘米的马道，靠东墙向南转上，直达顶部。
近年来，学术界不少人对小方盘城即玉门关提出质疑，主要理由是小方盘城规模上太小，不象“关”。一种观点认为以往的实务证据只能证明小方盘城为“玉门都尉府”；一种观点认为此城为东汉玉门都尉所辖玉门关，西汉玉门关还应在此城以西。汉玉门关故址究竟在哪里呢
据甘肃考古队和原敦煌县文化馆1979年6月至8月，在小方盘城西11公里处一个叫马圈湾的地方，对玉门千秋燧发掘的实务来看，玉门关遗址应当在千秋燧以西不远的地方。
从玉门千秋燧总共发掘汉简一千二百一十七枚，这是在敦煌境内发掘汉简最多的一次，内容相当丰富。其中一块短而宽的木牌上写有“玉门千秋燧”字样。据考证，这是守卫这座烽火台的士兵挂在腰间的“证件”。这座烽火台的名字就叫“玉门千秋燧”。另外，许多简上都记有年号，最早的为西汉“本始三年”（公元前71年），最晚的为“地皇二年”（公元21年）。其内容有诏书、奏记、檄文、律令、药方等。这对研究汉代的边塞屯戍、生活、经济、文化和各种制度，都是极为宝贵的资料。更为重要的是，一部分汉简记述着出入玉门关人员的情况。这些实物资料证明，汉玉门关不在玉门千秋燧以东的小方盘城，而在以西不远的地方。
从玉门千秋燧发掘出的汉简看，玉门关关门朝西，当时的丝绸之路出玉门关到一个“马迷兔”的地方之后，又分南北两道。南道到古鄯善后就与阳关道汇合了，一直到如今的和阗。北道到古楼兰、库车。到东汉时，北道又分为南、北、中三条路线。这些记载，与其它史料和一些学者的说法，有些相吻合，有些相违。汉玉门关故址在玉门千秋燧以西不远处应可以认定，但具体位置还有待进一步发掘考证
《元和郡县志》载：“玉门关在瓜州东20步。”在瓜州古城（即锁阳城）东北角24米处有一个小方城，是隋代玉门关遗址。唐初，玉门关由瓜州城向北移动25公里至疏勒河与葫芦河交汇处的南岸。当时，敦煌与楼兰之间的交通线路以断，中西交通改走伊吾道西行。为便于来往的中西商旅进出方便，玉门关北移至此地。玄奘就是在离关十多里处渡河过关的。
从桥湾西行20公里，在茫茫的芦花尽头，有一湾粼粼的波光，那便是安西的双塔水库。在库容量达2亿多立方米的水底，淹没着隋唐以来的玉门关遗址。从50年代修建水库至今，浸泡了40多年的玉关夯土墙，依然完好如初。只可惜再没有了重见天日的时光。
学术界对于唐代“玉门关”具体位置的最早判别，始于晚清时期的史学家陶保廉，他将唐玉门关的大致范围定在甘肃省安西县双塔堡遗址（清朝建造，内有庙宇、城楼等建筑）以西、葫芦河以东。四十年代，中国考古学家夏鼎、向达率西北科学考察团历史考古组在河西走廊进行考古调查，初步认为唐玉门关应该在双塔堡附近。此玉门关早自东汉即已设立，一直延续到唐末，历时约830多年
新玉门关的位置，明清以来有三说：
1、说在“故瓜州西北一十八里”。此说见《大明一统志》卷三十七＜陕西行都指挥使司•关梁＞条。
2、说在今安西县东百余里之双塔堡东北。此说以陶保廉为代表，见陶保廉《辛卯侍行记》卷五“十一月初九日”记事。
3、说“唐初玉门关在瓜州（宇按，此指锁阳城）西北五十里之瓠芒河上。后迁至瓜州城近处。”此说以严耕望先生为代表，见严耕望着《唐代交通图考》卷二，436-440页。
以上三说，《大明一统志》之说并未引起人们重视；严耕望先生之说，虽倾向于在锁阳城西北，但亦疑有空降河下游之双塔堡东，又疑在小王堡（当地称小宛堡）之西，还提出了初唐以后移关于瓜州城近处的推测。数疑俱存，未作决定。叭陶氏这说影响最大。林??《西北丛编》［3］、闫文儒《敦煌史地杂考》及《河西考古杂记》［4］等文都对陶说加以推介，或又进而有所申论。闫文儒先生作为考古专家而又亲赴双塔堡一带考察，着文肯定陶说“最为可靠”。其文为今时学者频频引用，或又加以阐发，影响颇大。1992年出版的《安西县志》则迳指双塔堡为唐玉门关。于是陶氏之说几成定论矣。（以上摘自李正宇《新玉门关考》，http://www.chinagreatwall.org/detail/news_detail.jsp?info_id=1100047850&cust_id=greatwall ）
《疏勒河流域汉代长城考察报告》（甘肃文物局编，文物出版社2001年12月）里面对唐玉门关遗址是这样描述的：
关城为土夯，长155米，宽160米，门设在城西。城桓宽3.5～4米，。城外四周设护城壕，宽12米，深2米。城内地面遗存石磨、方砖、素灰陶片、瓦当邓唐代遗物。40年前在城址所在地修建大型水库时，关城淹没在库区。每年春、夏灌田时，水位下降，遗址上部露出水面。1987年11月我们勘测时发现，城桓已倒，东桓残高0.3～0.4米，南、西、北桓均残高0.5～0.75米。据《重修肃州新志》：“清雍正六年（1728）修置双塔堡，设千总一员，兵一营驻守”。此后，唐玉门关隐失，而用双塔堡其名。玉门关内原建有“龙王庙”、“关帝庙“、”昭忠寺“等古建筑。1944你作那12月向达、夏鼐、阎文儒等人考察时，庙宇尚存，壁上留千总题名。
李正宇先生认为双塔堡不会是唐玉门关【全文见附录一】
李正宇首先对影响最大的清人陶保廉的说法提出质疑。他认为陶氏书中的记载经不起推测。他引用了陶氏《辛卯侍行记》卷五之＜十一月九日＞的记载，之后说：“陶氏推测的唐玉门关在布隆吉堡西37里，双塔堡东北，当土胡河与疏勒河会合口之西侧。其西南之双塔堡，陶氏推测为唐之晋昌县故址。陶氏的推测，并非由于发现了唐晋昌城及玉门关遗址确在于此的证据，而仅仅是根据《元和志》所载瓜州治所晋昌县东去肃州、西北沙州的里程作出的比定。” 接着又引用陶氏在《辛卯侍行记》卷五＜十一月初八日＞自注中对自己这个说法的说明后，继续提出质疑：“从陶氏的说明中可知，把唐晋昌县城定在双塔堡，除了东距肃州、西距沙州里程“不甚悬殊”之外，别无其它证据。陶氏根据肃、瓜、沙三州里距之比定而作出的推断其实并不可靠。” “尤其让人生疑的是双塔堡处既无古州县城址及瓦砾陶片散片，附近又没有汉唐州县城必有的同时代墓葬群。” “可见陶氏之说，并不足视为定论。”
接着李正宇又说：“另一方面，从唐代瓜伊驿道径行路线进行评量，玉门关亦不合置在双塔堡。”其中涉及对《大慈恩寺三藏法师传》记载的怀疑，因此全文摘录这一段：
“唐代瓜伊二州驿道，是从瓜州城（今锁阳城）向西北，115里抵常乐县城（今安西县六工村破城子），北入莫贺延碛路（又名“第五道”，见敦煌遗书P.2005《沙州都督府图经卷第三》“新井驿”、“双泉驿”等条），又西北785里抵伊州（今新疆维吾尔自治区哈密市）。唐之玉门关，即置在瓜州往伊州驿道之首途，瓜州城至常乐城之间，唐僧慧立撰《大慈恩寺三藏法师传》记玄奘西行求法，行抵瓜州，“因访西路，或有报云：从此北行五十余里有瓠庐河，上广下狭，洄波甚急，深不可渡，上置玉门关，路必由之，即西境之襟喉也。”又记玄奘“与少胡夜发，三更许到河，遥见玉门关。云关上流十里许，两岸可阔丈余，傍有胡桐树丛，乃斩木为桥，布草填沙，驱马而过。”此云玉门关在瓜州城北50公里。按常乐县在瓜州西北，伊州又在常乐县西北。就驿道取向来说，玉门关当在瓜州城西北为是。而双塔堡则在瓜州城西北为是。而双塔则在瓜州城的东北方向100里。一则方位不合，二则里程过于悬殊。自瓜州城往常乐县直趋西北为程115里，若绕道双塔堡再赴常乐以入莫贺延碛路，其行进路线则是先东北、再西南、又西北，里程远达270余里，枉作转折，劳力耗时，有何必要？退一步说，若从双塔堡直指西北不再绕道常乐而趋伊州的话，就地形论之，则当自双塔堡直插红柳园（唐乌山烽）入莫贺延碛咱。然而双塔堡至红柳园间二百里，从唐至今皆无通行驿路，漫漫戈壁，既无水草，亦无驿站，行旅无所补给，故汉唐以来无就此道而行者。由此可知，作为“西境之襟喉”、瓜伊驿道“路必由之”的玉门关，必不置在并不当道的双塔堡。”
下面李正宇提出自己的观点：
“近年来，笔者在对瓜州历史地理考察研究过程中，逐渐形成了这样的概念，即：唐玉门关必置在瓜州城至常乐城（即锁阳城至六工村破城子）之间，位置当在锁阳城的西北而非东北。推测其所在，当在锁阳城、北桥子及踏实乡破城子之间三角地带范围内。于是我把这一三角地带确定为重点考察地段。” “提请安西县博物馆的朋友注意这一地带，建议他们在这一地区注意查找。1996年8月，我又云安西考察，同安西极旱荒漠国家级自然保护区管理处宁瑞栋处长谈到唐玉门关遗址问题，他很同意我上述的看法，并回忆起轿子乡西北15里马圈村西有两所相近的古城遗址，正处在我所指出的三角地带重点考察地段之内。” “8月15日下午，我同宁瑞栋处长、潘发成工程师及安西县博物馆李春元、李旭东同志一同趋车前往察看，果然是两座大小不同又错落毗邻的两所古城遗址。”“小城筑在一古河道西岸”，“小城西南30米许（合二十步），有一大城”，“以上大小不同的两座城址，东西错落相邻，乍见之际惊喜异常。忽忆《古今图书集成•方舆典•陕西行都司肃州卫古迹汇考》云“晋昌废县，在故瓜州北。本汉宜（冥）安县，属敦煌郡；隋改常乐县；唐改晋昌。”及《元和郡县图志》“玉门关，在（晋昌）县东二十步”之语，揆以二城规模之大小、次居之方位、靠近之距离，唐之晋昌县城及玉门关城蓦然闯入眼前！数年来，余一直寻找而不见踪影，所谓踏破铁鞋无觅处，今日幸从宁瑞栋先生指点中得来，奔波劳累立时顿消。”
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