《肥猫瘦狗精灵鼠》的故事发生在南方山区的农村。该村庄在经济大环境的改变之中也发生了明显的变化。故事主要围绕着一只调皮捣蛋的肥猫、一只机灵活泼的小老鼠、一只傻傻憨直的瘦狗之间的日常生活故事为主题。因为《肥猫瘦狗精灵鼠》剧集是以默剧形式出现，每集基本为一个单体，所以在每个故事中都不时穿插着一些副角，例如勤劳纯朴的老猪一家、一天到晚游手好闲的混混三少们、傻气十足的憨羊、老实勤恳的野猪、身强力壮的大熊、两面三刀的小白狗、古怪的专业骗子老狼和躲在深山修炼性情怪僻的老龟等等。在剧中他们贯穿了整个剧集，使整个故事更为生动，剧情更为丰富，增强了滑稽的气氛和幽默的元素，使每个故事都笑意不断。

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